Mientras la fase 1 es una combinación de procesos biológicos y químicos, la fase 2 del compostaje es un proceso 100% biológico. Se realiza en cuartos o túneles cerrados donde los factores ambientales de temperatura, humedad y aire, son cuidadosamente regulados a tal grado que se crean condiciones para que grupos seleccionados de microorganismos descompongan al compost de tal forma que sea un alimento selectivo para el champiñón. Esta fase se divide en dos partes: la pasteurización y el acondicionamiento.

1.  Pasteurización:
Tiene como propósito exterminar todos los organismos dañinos que hayan sobrevivido la fase I. La temperatura del compost se mantiene entre 57 y 60°C por 8 horas. Es muy importante no pasar de 60°C ya que se destruirían microorganismos esenciales para la siguiente parte del proceso y el compost tendría poco rendimiento de cosecha.

2.  Acondicionamiento:
Tiene como propósito incrementar la selectividad del compost. La temperatura se mantiene entre 45 y 50°C. Este es el rango óptimo en el que determinados microorganismos van a actuar, fijando las proteínas que consumirá el micelio. Temperaturas mayores de 50°C son muy perjudiciales porque se descomponen las proteínas ya formadas. Y temperaturas inferiores a 45°C son perjudiciales por la aparición de otros grupos de microorganismos que van producir un compost no selectivo y permitirá la aparición de hongos competidores.

Durante toda la fase 2 hay que mantener un nivel de aire fresco de entre 8 y 10%. Un valor mayor no es recomendable porque deshidrata el compost y además tiende a enfriarlo. Una forma empírica de determinar el valor mínimo necesario es mediante una vela, si la llama se apaga hay falta de oxígeno. La falta de oxígeno permite la aparición posterior de hongos como el chaetomiun (hongo verde oliva).

La fase 2 concluye cuando se ha eliminado el amonio del compost. La siembra se puede realizar cuando el nivel de amonio es menor de 5 ppm. La presencia de amonio por encima de ese valor retrasará o impedirá el desarrollo del micelio.

Programa de Trabajo

1.  Llenado del túnel:

• Debe realizarse lo mas rápido posible para evitar que el compost se enfríe.
• El compost debe tener buena estructura con un contenido de humedad entre 70 y 75%.
• El llenado debe hacerse uniforme, evitando desniveles o zonas muy compactadas.
• Una vez llenado el túnel colocar un mínimo de 3 sensores de temperatura.

2.  Nivelación de temperatura:

Es un período que puede durar de 1 a 15 horas en la que se espera a que la masa quede a igual temperatura (unos 45°C); esto se logra poniendo a reciclar el aire del túnel sin permitir entrada de aire fresco. Cuando la diferencia de temperatura en la masa es menor de 3 a 5°C se comienza con el calentamiento.

3.  Calentamiento:

Si el compost tiene buena actividad por si solo irá aumentando la temperatura 1,2°C por hora (sino hay que ayudar inyectando vapor), en unas 24 horas habrá alcanzado los 56°C.

4.  Pasteurización:

Se mantiene la temperatura del compost entre 56 y 60°C por 8 horas.

5.  Enfriamiento:

Se comienza a enfriar el compost (aumentando un poco el aire fresco) a unos 3°C/hora hasta llegar a 48 – 50°C en el compost.

6.  Acondicionamiento:

Se mantiene la temperatura del compost a 48°C hasta que el nivel de amonio baja a menos de 5ppm. Todo el proceso dura aproximadamente 7 días.

7.  Enfriamiento:

Se hace descender rápidamente la temperatura a un valor inferior de 25°C para proceder a la siembra. Si por cualquier motivo hay que retrasar la siembra, es preferible mantener al compost a la temperatura de acondicionamiento.

Características del compost al final de la Fase II

• Ya no hay olor a amoniaco, por el contrario, el olor es agradable ligeramente dulce.
• El nivel de amonio esta por debajo de 5 ppm.
• El pH es menor de 7,8, preferiblemente 7,5.
• El compost no tiene brillo y tiene un color uniforme marrón chocolate, salpicado de puntos blancos debido a las colonias de actinomicetos.
• El compost es suave y flexible, y puede ser cortado fácilmente.
• Cuando se aprieta fuertemente con las manos no aparece agua y permanecen relativamente limpias.
• El contenido de humedad es entre 67 y 68%.
• El contenido de nitrógeno es 2,0 a 2,3% y la relación C:N es 17.

Aspecto del compost
Al llenado del túnel	Al final de la Fase II

Diseño del túnel para la Fase II

1. Para una altura de llenado de aproximadamente 2,20 metros, tenemos aproximadamente una tonelada de compost.
2. Las paredes y techo del túnel deben tener buen aislamiento para evitar la pérdida de calor y evitar la entrada de contaminantes.
3. El túnel tiene doble piso, el inferior es de concreto con buen drenaje. El piso del compost está de 30 a 45 cm por encima del de concreto, este piso debe permitir el paso del aire y debe ser removible para permitir la limpieza periódica.
4. Las puertas de acceso deben permitir fácil carga y descarga, y deben sellar bien al túnel.
5. El sistema de ventilación debe ser capaz de suministrar de 150 a 200 metros cúbicos por hora de aire por tonelada de compost a una presión estática de 1.000 pa (4 pulgadas de agua).
6. La entrada de aire fresco debe estar antes del ventilador con una compuerta que permita regular la recirculación,  también debe tener un filtro.
7. La boquilla de entrada de vapor debe estar en el ducto de entrada de aire del túnel (en la dirección del flujo del aire) y regulada con termostato.
8. El túnel debe tener una pequeña ventana para permitir la salida de sobre presión de aire.  Esta ventana debe estar protegida que evite la entrada de insectos y roedores.
9. Las dimensiones normalmente son:
                    -  Ancho:  1,8 a 3,6 metros.
                    -  Alto:      3 a 3,5 metros.  
                    -  Largo:   el necesario para las toneladas que se deseen producir.
10. Es importante tener un mínimo de 3 sensores de temperatura distribuidos a lo largo del túnel.
11. Es recomendable disponer de una caldera para mejor control del proceso.

Túnel de Fase II
Túnel hecho con un contenedor	Sistema de ventilación
Puerta y controles	Detalle del sobre piso